As principais diferenças entre o jacaré e o crocodilo são anatômicas e a forma mais fácil de diferenciá-los é pelos dentes. O quarto dente inferior de cada lado, tanto dos crocodilos quanto dos jacarés, é maior que os outros dentes, porém o jacaré possui reentrâncias onde os dentes ficam escondidos e só aparecem quando o animal abre a boca. No crocodilo, esses dentes ficam expostos, mesmo quando ele está com a boca fechada. Além do fato de que os dentes superiores e inferiores dos jacarés não são alinhados uns com os outros, enquanto os dos crocodilos são.
Os jacarés apresentam o focinho largo e arredondado, enquanto os crocodilos têm a cabeça mais afilada. Além disso, os crocodilos apresentam escamas no ventre, chamados de poros glandulares, que os jacarés não têm. Não se sabe ao certo a função desses poros, mas especula-se que servem para a simples troca de calor e água com o ambiente.
Por serem hábeis nadadores, os jacarés são normalmente encontrados nas margens dos rios. Seus membros inferiores e superiores permitem também uma rápida locomoção fora da água quando necessário. No Brasil, existem seis espécies de jacaré e nenhuma de crocodilo. Eles vivem principalmente em regiões pantanosas e as espécies mais encontradas são o jacaré-de-papo-amarelo, o jacaré-do-pantanal e o jacaré-açú.
O jacaré-de-papo-amarelo é típico da América do Sul e pode ser encontrado no Brasil, Argentina, Uruguai, Bolívia e Paraguai. Ele atinge cerca de 2 metros de comprimento e se instala principalmente em manguezais, pântanos e banhados. Ali, se alimentam de peixes, aves e mamíferos e podem viver até 50 anos.
O crocodilo apresenta um visual mais assustador que o jacaré. Ele é tido como um animal mais feroz e ativo. O quarto dente inferior que fica constantemente para fora da boa contribui com essa imagem. Eles vivem em ambientes semelhantes aos dos jacarés e são muito encontrados na América do Norte, África e Europa.
Contudo, a relação entre crocodilos e jacarés não é só de diferenças. Os dois podem medir de um a seis metros dependendo da espécie e chegam a pesar mais de 300 kg. A idade máxima dos dois varia de 80 a 100 anos. Outra semelhança é que eles não mastigam suas presas, eles arrancam a carne com dentadas e engolem diretamente. Durante a digestão, jacarés e crocodilos ficam sonolentos e indefesos por causa do processo lento para digerir a grande quantidade de alimento.