O Programa de Revitalização da bacia do Rio São Francisco foi criado em 2004 e é coordenado pelo Ministério do Meio Ambiente em parceria com o Ministério da Integração Nacional. O projeto tem prazo de execução de 20 anos e suas ações estão inseridas no programa de revitalização de bacias hidrográficas com vulnerabilidade ambiental do Plano Plurianual dos quadriênios 2004-2007, 2008-2011 e 2012-2015.
Além disso, outras ações previstas em programas federais podem ser realizadas a fim de complementar o programa, e todas elas são executadas de acordo com a Política Nacional de Meio Ambiente (Lei 6.938/81), Política Nacional de Recursos Hídricos (Lei 9.433/97) e a Política Nacional de Saneamento (Lei 11.445/07).
Este programa de revitalização tem como objetivo maior a implementação e integração de projetos e ações governamentais que visam à sustentabilidade socioambiental no território da bacia hidrográfica do Rio São Francisco, bem como a recuperação de áreas degradadas, a conservação de seus recursos e o uso racional dos mesmos, a ampliação da oferta dos recursos hídricos e sua despoluição.
O Plano de Atividades e Metas traçado divide o projeto em cinco linhas de ação, que são elas:
• Gestão e Monitoramento;
• Agenda Socioambiental;
• Proteção e uso sustentável de recursos naturais;
• Qualidade de saneamento ambiental;
• Economias Sustentáveis.
No período compreendido entre os anos de 2004 a 2006, o projeto do Rio São Francisco executou obras de revitalização e recuperação da bacia, o monitoramento da qualidade da água, o reflorestamento de nascentes, margens e áreas degradadas, e o controle de processos erosivos para a conservação da água e solo nos estados de Sergipe, Alagoas, Pernambuco, Bahia e Minas Gerais. Nesse período o montante de recursos atingiu a marca de R$ 194.692.520,00.
O projeto tem sua continuidade assegurada com recursos do Programa de Aceleração do Crescimento (PAC 2007-2010) na ordem de mais de um trilhão de reais, e as ações previstas envolvem obras de saneamento básico (tratamento de resíduos sólidos e esgoto), contenção de barrancos e controle de processos erosivos, além de melhoria da navegabilidade e recuperação de matas ciliares.
No dia 4 de outubro de 2013, representantes de colônias de pescadores dos municípios de Propriá, em Sergipe, e Porto Real do Colégio, em Alagoas, fizeram uma manifestação interditando a ponte que faz divisa entre os dois estados. O movimento era devido a um pedido de revitalização do Rio São Francisco exatamente no dia em que a bacia completou 512 anos de descoberta.